Dotacja może być wypłacana jednorazowo lub w częściach. Można ją otrzymać w formie refundacji już poniesionych wydatków albo w postaci zaliczki (czyli przed dokonaniem wydatków).
Wypłata jednorazowa ma najczęściej miejsce w mniejszych projektach, których realizacja przebiega dość szybko – na przykład zakup maszyny przez przedsiębiorstwo. W takim przypadku najpierw ponoszone są wydatki ze środków własnych, a po wykonaniu i opłaceniu wszystkich działań w projekcie występuje się o ich częściową refundację.
W przypadku projektów bardziej skomplikowanych i rozłożonych w czasie najczęściej mamy do czynienia z wypłatą dotacji w kilku częściach. Ponoszone wydatki rozliczane są stopniowo, z reguły co trzy miesiące. Na tej podstawie przekazywana jest częściowa refundacja.
Dopuszczalne jest też korzystanie z zaliczek na poczet planowanych wydatków. Można o nie występować zaraz po podpisaniu umowy o dofinansowanie. Po wykorzystaniu przekazanych środków przedstawia się instytucji obsługującej projekt sprawozdanie z realizacji dotychczasowych działań oraz dokonanych płatności, wraz z wnioskiem o wypłatę kolejnej transzy zaliczki. Czynność taka – podobnie jak w przypadku częściowej refundacji – powtarzana jest zazwyczaj nie rzadziej niż raz na trzy miesiące. Szczegółowe zasady korzystania z zaliczek mogą się różnić, w zależności od rodzaju realizowanego projektu. Określa je każdorazowo umowa o dofinansowanie.