W związku z epidemią koronawirusa COVID-19 w Polsce oraz koniecznością szybkiego reagowania na potrzeby obywateli, w tym przy wsparciu projektów współfinansowanych ze środków europejskich, 22 kwietnia 2020 r. Minister Funduszy i Polityki Regionalnej poinformowała o częściowym zawieszeniu stosowania Wytycznych w zakresie realizacji przedsięwzięć w obszarze włączenia społecznego i zwalczania ubóstwa z wykorzystaniem środków Europejskiego Funduszu Społecznego i Europejskiego Funduszu Rozwoju Regionalnego na lata 2014-2020 z 8 lipca 2019 r.
Wprowadzone zmiany pozwolą objąć wsparciem osoby dotknięte skutkami epidemii COVID-19, a także uelastycznią procedury i wymogi dotyczące projektów realizowanych w trakcie epidemii. Wraz z pozostałymi zmianami w zakresie EFS stanowią element funduszowego pakietu antykryzysowego i jest to kompleksowy pakiet działań, który z jednej strony zapewnia elastyczne podejście i niweluje ewentualne zagrożenia dla podmiotów realizujących projekty, a z drugiej - pozwala na znaczną rozbudowę zakresu wsparcia, by wspierać osoby i podmioty dotknięte skutkami epidemii COVID-19.